Les membres du Conseil national sont élus pour un mandat de 4 ans par et parmi les membres des conseils régionaux. Ils sont rééligibles. Le Conseil national est renouvelable par moitié tous les deux ans.

Le Conseil national est composé de 48 membres,  il élit le Bureau national, composé de 12 membres
Le Conseil national remplit sur le plan national les missions générales de l’Institution Ordinale énumérées à l’art 171 du décret 92/276 du 6 juillet 1992 portant code de déontologie médicale.
Il contrôle la gestion des conseils régionaux 
Il a la charge d’adapter le code de déontologie médicale aux nécessités des professions médicales en constante évolution, des évolutions sociétales et de le faire évoluer dans l’intérêt des malades.
Le Conseil national est l’instance de recours des décisions administratives et disciplinaires des conseils régionaux.
Le Conseil national est l’interlocuteur et le conseiller naturel des pouvoirs publics sur les projets de lois et règlements relatifs aux professions médicale et au système de santé.